Indhold
- Ethylendiaminetetraacetat til DNA-oprensning
- Magneisum Chloride til DNA-forstærkning
- Ethidiumbromid til DNA-farvning
Analysen af DNA involverer forskellige typer molekylære eksperimenter og biologiske procedurer. DNA er et skrøbeligt og kompliceret råmateriale, så håndtering og analyse af det kræver den bedste kvalitet og den reneste kemiske forberedelse. Afhængig af analysen er hundreder af kemikalier, fra sure og basiske opløsninger til puffere og farvestoffer, involveret i studiet af DNA. At forstå, hvorfor nogle kemikalier bruges, er nøglen til at udføre vellykkede eksperimenter og opnå nøjagtige, pålidelige og reproducerbare resultater.
Ethylendiaminetetraacetat til DNA-oprensning
Tre typer DNA renses til videnskabeligt arbejde: DNA fra genomet (genomisk DNA), hele DNA'et fra cellen (total DNA) eller fra plasmider, som selv kan formere sig. Total celle-DNA-oprensning bruger kemikalier, der tillader ødelæggelse af celler mange membraner under cellelysering. Det kemiske ethylendiaminetetraacetat (EDTA) bruges ofte til at fjerne magnesiumioner, som er nødvendige for at opretholde stivheden af cellevæggene, hvilket får disse til at svækkes til det punkt, at de bryder sammen eller river, frigiver cellernes indhold og DNA til analyse. Derudover beskytter og bevarer EDTA integriteten af DNA ved at hæmme enzymer, der normalt er til stede i cellen, hvilket kan fragmentere DNA'et og gøre det ubrugeligt.
Magneisum Chloride til DNA-forstærkning
Polymerasekædereaktionen (PCR) er en sofistikeret analysemetode, der anvendes til at amplificere flere tusinde kopier af et DNA-molekyle, men det er fyldt med tekniske problemer og unøjagtigheder. Mange forskere udfører derfor rutinemæssigt flere forskellige sæt PCR'er for at finde den mest optimale tilstand og parametre for et bestemt gen af interesse. Et kemikalie, der bruges til at udføre en sådan optimering, er magnesium, som stabiliserer DNA-polymeraseenzymet, der er anvendt i PCR, og fungerer som en væsentlig co-faktor for enzymets aktivitet. Til PCR'er anvendes magnesium i form af en magnesiumchloridbuffer.
Ethidiumbromid til DNA-farvning
Ethidiumbromid er et farvestof, der binder til DNA ved at glide ind mellem nukleotiderne, der udgør en dobbelt DNA-helix i en proces, der kaldes intercalation. Dette farvestof kan derefter belyses med en ultraviolet lampe, så det DNA, hvortil ethidiumbromidet er bundet, kan visualiseres. Imidlertid kræves mindst 1 nanogram DNA for at ethidiumbromid kan ses korrekt, derfor er det en måde at detektere PCR-amplificeret DNA på. Selvom det er billigt og meget udbredt, er det også et mutagent kemisk stof, der vides at forårsage kræft, så dets anvendelse i laboratorier er meget reguleret, og mange videnskabsfolk går over til at bruge mindre giftige alternativer.