Indhold
Hovedtyper af bakterier blev traditionelt klassificeret efter fysiske træk eller reaktioner på forskellige typer farvning. Fremkomsten af molekylær genetik har muliggjort en mere omhyggelig opdeling af de forskellige bakteriegrupper. Mange forskere mener, at den gamle klassificering af bakterier bør opdeles i to eller flere kongeriger.
Kingdoms
Den højeste klassificering af levende ting er kongeriger. Bakterier blev engang klassificeret i et rige kendt som Protista, men mange forskere hævder, at det gamle rige skulle opdeles i to kongeriger baseret på molekylærgenetisk bevis. De nye kongeriger ville være ægte bakterier, eubakterier og gamle bakterier, archaebakterier, der i dag overlever i ekstreme miljøer. Nogle antyder en ny fylogenetisk opdeling, der er kendt som domæner eller superkingdoms, fordi Archaebacteria er så forskellige, at de kunne opdeles i tre egne kongeriger: Crenarchaeota, de termofile bakterier; Euryarchaeota, halofile og methanogene bakterier; og Korarchaeota, der findes i varme kilder.
Phylums
For andre bakterier end Archaebacteria er der fem forskellige filum, den næste gren op i det fylogenetiske træ. Proteobakterierne er symbiotiske med planter og hjælper dem med at fikse nitrogen fra atmosfæren. Cyanobakterier er kendt som blågrønne bakterier. Eubakterier er traditionelt klassificerede Gram-positive bakterier og har cellevægge, der har forskellige lag end andre bakterier. Spirochetes vokser i spiralformede kolonier. Chlamydiae er intracellulære parasitter.
Traditionel klassificering
Bakterier kan beskrives som patogene (sygdomsfremkaldende) eller ikke-patogene. De kan også beskrives som Gram-positive eller Gram-negative. Dette henviser til, hvorvidt de absorberer et farvestof ved Gram-farvning eller ej. Gram-positive bakterier mangler en ydre cellemembran, og peptidoglycaner tillader dem at blive farvet med krystalviolet. Gram-negative bakterier har en ydre cellemembran, men mangler peptidoglycaner, hvilket forhindrer dem i at blive farvet.