Indhold
Gelelektroforese er en metode, der anvendes i laboratorier til at måle og sortere DNA-tråde. Det er nødvendigt, fordi DNA under normale forhold er for lille til at manipulere, selv når det ses ved hjælp af de fleste mikroskoper. Gelelektroforeselaboratoriet anvender en relativt ligetil procedure, og den samme grundlæggende teknik kan også bruges til at adskille individuelle proteiner.
Gel Matrix
For at starte gelelektroforeseproceduren skal du først oprette gelen. Geler fremstilles typisk i tynde lag med et stof kaldet agarose. Pulveriseret agarose anbringes i en kolbe, efterfulgt af en saltvandopløsning kaldet en buffer. Denne blanding af agarose og puffer opvarmes, indtil de to stoffer smelter sammen og hældes derefter i en formende form. En anordning kaldet en kam placeres derefter i den ene ende af formen, før gelen afkøles. Når gelen afkøles, fjernes kammen, hvilket efterlader små spalter, der vil blive brugt til at indeholde DNA-prøver.
Et specielt kendetegn ved den afkølede agaroseblanding (kaldet en gelmatrix) stammer fra det faktum, at den er dannet med saltvand. Når den elektrificeres, vil matrixen blive ledende, så elektricitet kan strømme langs dens længde. En anden speciel egenskab ved gelmatrixen er tilstedeværelsen af regelmæssige, mikroskopiske huller. Disse huller gør det muligt for DNA-tråde at rejse gennem gelmatrixen og lette sorteringsprocessen.
Elektroforesiskammeret
Dit næste trin er at oprette et elektroforesekammer. Dette er en lille rektangulær kasse, kablet med en positiv og negativ elektrisk forbindelse i begge ender. Kamre er typisk lavvandede, små nok til at passe på en bordplade og bygget af klare materialer som Plexiglas.
Saltvandopløsning hældes i bunden af elektroforesekammeret, og gelmatrixen nedsænkes let inden i denne opløsning. Saltvandet tjener to formål: at hjælpe strømmen med elektricitet og holde gelmatrixen fugtig. Da DNA drives af en negativ ladning, skal du placere din matrix, så dine prøver bliver placeret ved siden af din negative elektriske forbindelse.
Forberedelse af DNA'et
DNA-prøver fremstilles derefter. Da DNA i opløsning alt sammen er umuligt at se, sættes et farvestof kaldet en ladningsbuffer til hver enkelt prøve. Dette middel fortykner også DNA-opløsningen, hvilket gør den mindre løbende og mere anvendelig. Brug en pipette til at overføre en prøve af DNA-opløsning til hver skiftevis spalte i gelmatrixen. I den tomme spalte mellem hver prøve skal du placere en opløsning af DNA, hvis længde du allerede kender (kaldet DNA-standard) til eksperimentkontrol og sammenligning.
Tænd for strømmen
Tænd nu dit elektroforesekammer. Under negativ kraft vil dine DNA-prøver blive tvunget over kammerets længde. Små DNA-tråde bevæger sig hurtigere gennem gelmatrixen, og på kort tid vil de adskille sig fra længere, langsommere tråde. Farvestoffet i farvestoffet lader dig følge sporet af DNA. Du vil ikke være i stand til at se individuelle DNA-strenge, men strenge med samme længde klumper sig sammen.
Sidste trin
Når DNA'et er sorteret, fjernes matrixen fra elektroforesekammeret. DNA farves derefter for at muliggøre lettere måling og undersøgelse.