Indhold
Western blotting er en af de mest almindelige procedurer i biokemiske laboratorier. Grundlæggende adskiller det proteiner fra en prøve efter størrelse og tester derefter ved hjælp af antistoffer for at bestemme, om et givet protein er til stede. Det er nyttigt ikke kun i forskning, men også i medicinske eller diagnostiske laboratorier; test for både HIV og Lyme sygdom, for eksempel involverer en enzymbundet immunosorbent assay (ELISA) test, efterfulgt af en Western blot, hvis ELISA tester positiv. På trods af sin popularitet har vestlig blotting imidlertid flere ulemper.
Nonquantitative
Klassiske vestlige blots er ikke-kvantitative. Med andre ord, mens de kan fortælle forskere, om et bestemt protein er til stede, gør de det ikke muligt at kvantificere, hvor meget af proteinet der er. Nogle biotekvirksomheder sælger nu kits, der gør det muligt for forskere eller laboratorieteknikere at kvantificere mængden af protein, der er til stede ved hjælp af en standardkurve - men dette fungerer kun, hvis der er rene prøver af det samme protein. Yderligere kan molekylvægten af et protein kun estimeres med Western blotting, snarere end bestemmes nøjagtigt som med massespektrometri.
Antistoffer
En Western blot kan kun udføres, hvis der findes primære antistoffer mod proteinet af interesse. Mens antistoffer for mange forskellige proteiner er tilgængelige fra biotekvirksomheder, er de ikke billige; hvis primære antistoffer ikke er tilgængelige for et givet protein, vil det ikke være muligt at udføre en Western blot på udkig efter det bestemte protein. Desuden kan forskere måske bestemme, om et protein er blevet modificeret på en eller anden måde - hvis det er blevet fosforyleret (havde en fosfatgruppe knyttet til det), for eksempel - og med Western blot-teknikken har de brug for antistoffer, der er specifikke for den modificerede protein.
Uddannelse
Det kan være udfordrende at udføre en Western blot korrekt og få gode resultater, så personalet skal være veluddannet.I dette som i meget andet er erfaringer måske den bedste tutor; selv for en erfaren tekniker er en Western blot imidlertid tidskrævende. Gelelektroforesedelen af eksperimentet vil for eksempel typisk tage fra en til to timer at køre. Andre opgaver kan naturligvis udføres, mens gelen kører, men eksperimentet tager stadig lang tid at få resultater.
Andre begrænsninger
Antistoffer kan undertiden udvise en vis off-target-binding, hvilket kan give dårligere resultater. Med Western blotting bruger du desuden et antistof mod et specifikt protein, så dine resultater vil kun fortælle dig, om dette protein var til stede. Massespektrometri med høj opløsning afslører derimod alle proteiner, der er til stede i en prøve, og i modsætning til klassisk westernblotting er den kvantitativ. Det er vigtigt at huske, selvfølgelig, at massespektrometri er meget dyrere og også mere teknisk udfordrende at bruge sammenlignet med vestlig blotting.